南京分院现下辖九家事业企业单位 被誉为中国现代天文学摇篮的紫金山天文台，世界三大古生物研究中心的南京地质古生物研究所，研究实力雄厚分支学科齐全的中国科学院南京土壤研究所，我国唯一一家以湖泊流域系统为研究对象的中国科学院南京地理与湖泊研究所，承担世界上大视场兼大口径之最光谱获取率。

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